PRODPRESS® | Europe — Économie & société | 2 novembre 2026

Chapô — La Cour des comptes européenne a publié le 29 octobre 2026 les résultats de son audit financier des 43 agences de l’Union pour l’exercice 2025. Le bilan est globalement favorable : 42 agences obtiennent une opinion sans réserve sur leurs comptes. Mais 28 organismes font l’objet d’observations particulières, notamment concernant les marchés publics. L’Institut européen d’innovation et de technologie (EIT) concentre les principales réserves : une créance de 8,7 millions d’euros, des dépenses de subvention insuffisamment sécurisées et plusieurs dossiers signalés par l’OLAF.

1. Des comptes globalement validés pour 42 agences sur 43

Les auditeurs ont émis une opinion favorable sans réserve sur la fiabilité des comptes de 42 des 43 agences et sur la légalité et la régularité des paiements de toutes les agences sauf l’EIT.

La Cour a également identifié 77 observations concernant 28 agences, principalement sur les procédures de marchés publics, le contrôle interne, les subventions et la gestion contractuelle. Le fait qu’une agence fasse l’objet d’observations ne signifie ni que la totalité de ses dépenses est irrégulière ni que ses comptes sont rejetés.

L’audit porte sur la régularité des opérations financières, pas sur l’efficacité globale de chacune des politiques publiques européennes.

2. Des organismes stratégiques et plusieurs milliards d’euros

Les 43 agences auditées disposaient en 2025 de budgets cumulés d’environ 5,9 milliards d’euros, contre 5,3 milliards en 2024, soit environ 4 % du budget général de l’Union. Elles employaient 17 671 personnes à la fin de l’année.

Ces organismes interviennent dans la santé, la recherche, la protection de l’environnement, la sécurité, la gestion des frontières, les transports ou la régulation économique et financière.

Les six agences exécutives gèrent par ailleurs des programmes de financement pour le compte de la Commission. Les quelque 22 milliards d’euros de programmes administrés en 2025 ne doivent pas être confondus avec les dépenses propres de fonctionnement de ces organismes.

3. Pourquoi les 98 % d’exécution budgétaire doivent être expliqués

La Cour indique que les agences ont utilisé, en moyenne, 98 % des fonds budgétaires mis à leur disposition, en tenant compte des crédits reportés.

Le tableau 2.4 du rapport détaille cependant la situation : sur environ 9,443 milliards d’euros de crédits de paiement disponibles, 6,685 milliards ont été effectivement payés pendant l’année, 2,604 milliards ont été reportés et 154 millions ont été annulés.

Ces montants correspondent respectivement à environ 71 %, 28 % et 2 % des crédits disponibles, les arrondis expliquant l’écart éventuel dans l’addition. Un report n’est pas automatiquement une anomalie : il peut résulter du calendrier des contrats et des programmes. Il ne doit toutefois pas être présenté comme un décaissement déjà réalisé.

4. L’EIT : 8,7 millions d’euros de créance au recouvrement incertain

L’Institut européen d’innovation et de technologie (EIT) finance des partenariats associant universités, laboratoires et entreprises.

Une communauté de la connaissance et de l’innovation (KIC), débitrice de 8,7 millions d’euros, a engagé une procédure de liquidation en mars 2026. Les auditeurs ont conclu que l’EIT aurait dû constater une dépréciation de cette créance, compte tenu de l’incertitude concernant son remboursement intégral.

Selon l’analyse de la Cour, les créances, les actifs nets et le résultat économique de l’organisme étaient donc surévalués de ce montant.

L’EIT estime qu’une partie importante de la somme pourrait être recouvrée, notamment par un mécanisme d’assurance mutuelle et une compensation éventuelle. Il est inexact de qualifier les 8,7 millions d’euros de perte définitivement établie. La Cour demande à l’EIT de maximiser rapidement les recouvrements.

5. Des contrôles sur les subventions jugés insuffisants

L’EIT a également reçu une opinion avec réserve sur la régularité de ses paiements. Les auditeurs relèvent notamment des erreurs significatives au niveau des bénéficiaires et des difficultés liées au mode de versement et d’apurement de certaines subventions pluriannuelles.

Les paiements de subventions et apurements considérés représentaient 382,7 millions d’euros en 2025. À la fin août 2026, certaines vérifications externes n’étaient pas achevées et les corrections sur la base de rapports provisoires n’avaient pas été appliquées.

Les préfinancements pluriannuels peuvent conduire à ne vérifier pleinement certaines dépenses qu’au cours d’exercices ultérieurs. La Cour recommande à l’EIT de rétablir un rythme annuel de déclaration et d’apurement de ces subventions, avec une échéance fixée à fin 2027.

6. OLAF : cinq enquêtes clôturées, jusqu’à 11,3 millions d’euros de recouvrements envisagés

Le rapport intégral, au paragraphe 3.8.17, mentionne cinq enquêtes de l’Office européen de lutte antifraude (OLAF) clôturées en 2024 et 2025 et portant sur des conventions de subvention de l’EIT à des communautés de la connaissance et de l’innovation.

À la suite des recommandations de l’OLAF portant sur des dépenses ou subventions irrégulières, l’EIT envisage de recouvrer jusqu’à 11,3 millions d’euros.

Ces montants ne constituent pas nécessairement des pertes définitives et ne peuvent pas être ajoutés mécaniquement aux 8,7 millions d’euros de créance sans exclure d’éventuels recoupements. Une irrégularité administrative ou financière ne prouve pas, à elle seule, une infraction pénale.

La Cour précise par ailleurs n’avoir identifié, au cours de son audit propre de l’exercice 2025, aucun nouveau cas présumé de fraude à transmettre à l’OLAF ou au Parquet européen. Ce constat ne contredit pas les enquêtes antérieures de l’OLAF, qui ont un autre périmètre.

7. Les marchés publics, principal point de vigilance

Les auditeurs identifient de nombreuses insuffisances dans les procédures de passation et d’exécution des marchés publics : préparation des appels d’offres, contrôles préalables, documentation, suivi des contrats et validation des prestations.

Des observations concernent notamment Frontex, l’Agence européenne de la sécurité aérienne, Eurojust, le Centre de traduction et d’autres agences.

Ces constats doivent être examinés individuellement. La présence d’une erreur de procédure n’autorise pas à affirmer une corruption, un détournement ou un favoritisme sans preuves supplémentaires. Elle justifie en revanche des contrôles et des corrections documentées.

8. Treize recommandations à suivre

La Cour formule 13 recommandations découlant de ses travaux, dont dix d’application transversale et trois adressées individuellement à des agences.

Concernant l’EIT, la priorité est double : sécuriser le recouvrement des créances et rendre le contrôle des subventions pluriannuelles plus régulier.

L’Autorité européenne de lutte contre le blanchiment de capitaux et le financement du terrorisme, devenue financièrement autonome en 2026, figurera dans le prochain rapport comme 44e agence auditée.

9. Analyse éditoriale : trois contrôles qu’il ne faut pas confondre

Premier niveau : les comptes sont-ils fiables ? Deuxième niveau : les dépenses respectent-elles les procédures ? Troisième niveau : les programmes atteignent-ils leurs objectifs ?

Ces questions sont complémentaires, mais distinctes. La validation comptable d’une agence ne signifie pas que chacune de ses actions est efficace. Inversement, une observation de marché public ne suffit pas à discréditer tout un organisme.

La transparence implique de comparer les exercices, de suivre les recommandations et de rendre intelligibles les montants réellement dépensés, reportés ou encore à récupérer.

10. Les points encore ouverts

• Montant effectivement recouvré sur la créance de 8,7 millions d’euros de l’EIT.
• Exécution des recommandations de l’OLAF et montant finalement recouvré sur les 11,3 millions d’euros envisagés.
• Régularisations comptables ou contractuelles intervenues après les travaux d’audit.
• Correction des irrégularités de marchés publics et suites données aux 13 recommandations.
• Éventuels enseignements de la procédure de décharge budgétaire.

Glossaire

Opinion sans réserve : opinion d’audit ne relevant pas d’anomalie significative affectant la conclusion générale. Opinion avec réserve : conclusion favorable sauf sur des anomalies significatives identifiées. Créance : somme due à un organisme. Dépréciation : correction comptable liée à une perte de valeur ou à une incertitude de recouvrement. KIC : communauté de la connaissance et de l’innovation. OLAF : Office européen de lutte antifraude. Apurement : vérification et régularisation des avances ou dépenses déclarées.

Sources officielles

• Cour des comptes européenne — Rapport annuel sur les agences de l’UE, exercice 2025, 29 octobre 2026.
• Cour des comptes européenne — Rapport intégral en anglais, PDF, 308 pages : notamment sections 2 et 3.8.
• Communiqué de presse de la Cour des comptes européenne du 29 octobre 2026, transmis à la rédaction.
• Cour des comptes européenne — Audit des agences pour l’exercice 2024, comparaison de contexte.

Transparence, prudence et droit de réponse

Les montants à recouvrer ne sont pas assimilés à des pertes définitives. Une irrégularité financière ne constitue pas en soi une preuve de responsabilité pénale. Les constats sont ceux de l’audit de la Cour des comptes européenne sur l’exercice 2025, tel que disponible au 2 novembre 2026.

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Christophe Martin-Landré — Journaliste d’investigation, directeur de publication, PRODPRESS® MEDIA GROUP.

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